色譜柱分離效率的好壞，操作條件的影響是較突出的。所謂操作條件指的是色譜柱的工作溫度、載氣壓力、載氣流速、載氣性質等。同一個樣品，如果操作條件不同或改變，分析的結果差別是比較大的。因此，選擇合適的操作條件并保持它們的穩定是一件相當重要的事情。

①　色譜柱工作溫度的影響   色譜柱的工作溫度的范圍很大，從幾十度到上或更高，怎樣選擇就是一個問題。若用較低的溫度對低沸點組分分離有利，但對高沸點組分的分離由于溫度低，揮發度小，不易被沖洗出來，結果是峰拖尾很長。若用較高的溫度，對高沸點的組分分離有利，而低沸點的組分流出快，保留時間相近，就出現峰重疊的現象，更為甚者分離不開。所以工作溫度的選擇是非常重要的。工作溫度的選定原則是選取各組分沸點的平均值或中間值，也可采用程序升溫的辦法，即逐漸升溫或分段升溫。

②　載氣壓力的影響    色譜柱流動相的移動來自載氣的壓力，柱子出口和入口存在壓力差。沿著管壁有一個壓力梯度，由于壓力梯度的存在，在管柱的各截面處載氣所占有的體積也就不同，即流體體積流量在柱各橫截面處互不相等，因此個點的流速也不相等。若柱管壓力降大的話就不可能得到一個適應柱管各點的最佳截氣流速。因此，使用粗顆粒擔體或短柱管都可使柱管壓差減小，使壓力梯度對分離不起明顯的影響。

③　載氣流速的影響   組分被載氣攜帶在柱中流動的過程中，一方面，由于分子本身的擴散作用使譜峰變寬；另一方面，由于分子在氣液兩相中不能瞬間平衡，分子在液相中擴散需要時間，有些分子還來不及進入到液相就被載氣帶走，發生超前現象。而有些分子在液相中來不及出來，發生滯后現象。這一前一后就使譜峰變寬。提高載氣流速，一方面，可以減小分子擴散作用，提高柱效；另一方面，將家具氣液傳遞過程的不平衡，引起峰變寬，使柱效降低。由于載氣流速的變化，會引起上述兩個相矛盾的因素而影響柱效率。因此，這就存在尋求一個最佳流速以保障柱效率達到最好狀況。最佳流速從式可以得到，在實際中載氣流速比最佳流速稍微高一點就可以了。

④　載氣性質的影響   在工業色譜儀中，取的樣品量都是很少的。樣品由載氣攜帶進入色譜柱到檢測器，對載氣的要求是它只起攜帶樣品的作用而不能與樣品、固定液發生化學作用，且不能被固定液吸收或溶解。樣品分子在載氣中擴散的大小與載氣的分子量有關，即樣品的擴散系數與載氣的分子量的平方成反比關系。載氣的分子量越小，樣品分子的擴散就越容易。載氣的分子量越大，樣品分子的擴散就越難。怎樣來選擇載氣呢？當流速低的時候，分子擴散增大，影響顯著，這種情況采用分子量大的載氣，如N2、Ar等。當流速大時，分子擴散不顯著，這時采用分子量小的載氣，如H2、He等。

⑤　進樣量與進樣時間的影響  工作人員在進樣時，操作要迅速，即在很快的時間內把樣品注入色譜柱。進樣的時間越短，柱的效率越高。進樣量的問題應這樣來考慮。前面討論過，為了提高柱效要盡量吧固定液膜的厚度做薄，這樣，進樣量就應該少才好。但另一方面為了保證有足夠的輸出值，進樣量則大一些好。在保障柱的分離效率的前提下，進樣量可以適當大些。

⑥　載氣中的水分、氧、微量有機物的影響  載氣中的水分量不能高，水含量高使吸附柱的分子篩很快失效。對氣液柱親水性固定液保留指數將增大，疏水性固定液保留指數將降低。載氣中氧將使活性炭和高分子多孔微球講解，對聚酯和聚乙二醇許多固定液將發生慢性氧化，使柱性能逐漸變壞。

載氣中存有有機物中將使分子無法進行。因此，必須凈化載氣，使它的純度達到99.99%。